W rzeczywistości wspólnot charyzmatycznych pojawiają się nieraz kwestie budzące kontrowersje i domagające się właściwej oceny. Jej podstawowym kryterium jest Słowo Boże oraz teologiczne analizy. Wśród poglądów budzących szereg pytań znajduje się przeakcentowanie kwestii uzdrowienia, oddziaływania demonicznego, jak również tzw. grzech międzypokoleniowy i charyzmatomania. Oprócz tego niektóre zjawiska występujące podczas modlitw we wspólnotach charyzmatycznych budzą wątpliwości doktrynalno-duszpasterskie, np. tzw. spoczynek w Duchu, mówienie językami, płacz i śmiech, praktyki związane z modlitwą o uwolnienie. Konieczna staje się więc właściwa biblijna i teologiczna formacja wspólnot, by przyjmować przejawy Bożego działania, ale nie koncentrować się na nich.
